Tutti i nuovi utenti di Fedora imparano presto che ci sono pacchetti non disponibili nei repository, anche quando la loro licenza sarebbe accettabile, a causa del fatto che sono gravati da patent (brevetti).
Alcuni esempi sono il supporto al formato MP3, la riproduzione dei DVD per i quali è necesario attivare il repository RPMFusion.
E' opinione comune, e non solo nella comunità Open Source, che le patent sul software siano deleterie ovvero che impediscano l'innovazione invece di favorirla. Tuttavia, fino ad ora è stato sempre molto difficile difendersi dalle denunce, anche quando basate su patent che appaiono quantomeno "discutibili", come sanno bene Red Hat e Novell, denunciate per aver usato "senza permesso" nei loro prodotti i workspace multipli.
Ora pare che ci sia una speranza che la situazione cambi, sotto forma della decisione che la corte suprema degli Stati Uniti dovrà prendere sul caso conosciuto come in re Bilski, in cui la Red Hat ha presentato un documento a supporto della posizione che, per essere brevettabile, un procedimento deve passare il cosidetto "machine-or-transformation" test.
Se la corte suprema confermasse questa regola, le patent sul software diventerebbero impossibili da ottenere e quelle esistenti automaticamente invalidate.
Qualunque sia il risultato finale, si tratterà di una decisione molto importante per cui sicuramente se ne riaprlerà.
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